北京矿产地质研究所自1993年进行机构改革以来，本着高效精干的原则，合并科研业务研究室，将所长办公室和党委办公室合并组建所综合办公室，将所办实体合并组建科技开发处。随着改革的深化，逐步淡化后勤管理的职能，将后勤服务、后勤管理、物业开发等职能划归经营管理处承担，将地质科研、GIS开发、矿产经济评估等纳入科技处管理，在改革的探索过程中逐步形成两处一室的组织架构。
　2002年研究所在利于面向社会、面向市场、面向服务的新形势下，将科研与开发分成了5个具有特色和优势的研究领域。

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